L’Istituto nasce nell’anno scolastico 1956/57 come sezione staccata dell’Istituto Tecnico "A.M. JACI" di Messina e con sede nei locali del Palazzo Comunale di Milazzo.
Viene regolarmente istituito come Istituto Tecnico Commerciale con amministrazione autonoma con Decreto del Presidente della Repubblica n. 1316 del 1/10/58.
Con Decreto Ministeriale 20/5/61 viene intitolato al nome di "Leonardo da Vinci".
Nel Dicembre del 1967 la sede viene trasferita nei locali di via Col. Magistri, in un edificio costruito appositamente, i cui lavori di completamento, per la realizzazione della seconda ala e della palestra coperta, si prolungano sino all’anno 1973.
Nell’anno scolastico 1983/84 viene istituito l’indirizzo per Ragionieri Programmatori; nel 1987/88 nasce il corso per Geometri.
Nel 1992/93 vengono realizzate altre aule, aggiunte ai corpi di fabbrica esistenti, che portano il plesso alla sua conformazione attuale.
Nell'anno 1999 l'Istituto diventa Test Center ECDL per il rilascio della Patente Europea del Computer.
Nell'anno 2000 l'Istituto viene individuato come CISCO Local Academy per la conduzione di corsi e il rilascio della certificazione CCNA.
Nel 2001/2002 viene istituito l'indirizzo di Tecnico per il Turismo.
Il Ministero dell’Istruzione ha affidato all’Istituto la funzione di riferimento per il monitoraggio nazionale dei progetti CIPE.
Dall’anno 2001/2002 l’Istituto è stato chiamato a svolgere il compito di Simucenter per la rete nazionale di IFS.
Dall'anno 2004 l'Istituto è Centro Polifunzionale di Servizio per lo sviluppo delle tecnologie didattiche e a sostegno dell'Autonomia.